继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：埃拉·布鲁科莱里 鲁思·琼斯 理查德·E·格兰特 因迪拉·瓦玛 理查德·柯伊尔 劳里·戴维森 多纳尔·芬恩 瓦拉达·塞图 塔尼娅·雷诺兹 瑞恩·山普森 波佩·吉尔伯特 格雷斯·霍格·罗宾逊 莫莉·莱特 Maddie Close Reggie Absolom Anna Fenton-Garvey
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演员：基里安·墨菲 丽贝卡·弗格森 蒂姆·罗斯 苏菲·兰朵 奈德·丹内利 派克·李 伊恩·佩克 杰伊·利库戈 巴里·基奥恩 斯蒂芬·格拉汉姆 萨米·乔纳斯·希尼 鲁比·阿什伯恩·瑟金斯 山姆·贝克-琼斯 卡斯珀·希尔顿-希勒 马丁·安格鲍尔 马克·威尔金森 托马斯·阿诺德 安迪·M·米利根 罗利·威尔逊 马克斯·凯文汉姆
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